Η Μαργαρίτα της Αυστρίας, Βασίλισσα της Βοημίας υπήρξε, από το 1225 ως το 1235, βασίλισσα της Γερμανίας και, από το 1253 ως το 1260, βασίλισσα της Βοημίας.
Γεννήθηκε, μάλλον, το 1204 και ήταν βασιλικός γόνος. Πατέρας της ήταν ο Δούκας της Αυστρίας, Λεοπόλδος Στ’, και μητέρα της η Θεοδώρα Αγγελίνα, αγνώστων στοιχείων, η οποία ήταν βυζαντινής καταγωγής και συνδεόταν με τον αυτοκρατορικό οίκο των Αγγέλων, χωρίς, όμως, να είναι σαφής η διασύνδεσή της (μάλλον, κάποια γιαγιά της ήταν κόρη βυζαντινού αυτοκράτορα). Η Μαργαρίτα ήταν το μεγαλύτερο από τα συνολικά επτά παιδιά του ζεύγους. Ανήκαν στον βασιλικό οίκο των Μπάμπενμπεργκ.
Παντρεύτηκε δύο φορές. Αρχικά, στις 29 Νοεμβρίου 1225, νυμφεύθηκε, για πρώτη φορά, με τον Ερρίκο Ζ΄ της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Ο γάμος αυτός τη συνδέει με τη βασιλεία της Γερμανίας. Επισήμως στέφεται Γερμανίδα βασίλισσα δύο χρόνια αργότερα, τον Μάρτιο του 1227, στο Άαχεν. Η περίοδος διακυβέρνησης των δύο θα διακοπεί αίφνης με βίαιο τρόπο. Ο Ερρίκος Ζ΄ επαναστάτησε κατά του πατέρα του, δίχως αποτέλεσμα, το 1235, με αποτέλεσμα να χάσει και η Μαργαρίτα το στέμμα.
Στο μεταξύ, λίγα χρόνια αργότερα, το 1246, ο πατέρας της Μαργαρίτας, πεθαίνει και η Αυστρία μένει χωρίς δούκα. Παρά το γεγονός ότι αυτή ήταν η πρώτη νόμιμη διάδοχος της θέσης, ο βασιλιάς της Βοημίας έκανε ό,τι περνούσε από το χέρι του, ώστε να μην αναλάβει αυτή το αξίωμα της Δούκισσας της Αυστρίας. Όπως αποδείχθηκε, εκ των υστέρων, οι προσπάθειές του έπεσαν στο κενό. Ο ίδιος ο Βεντσεσλάβος της Βοημίας επρόκειτο να δώσει στη Μαργαρίτα τη θέση που της ανήκε.
Κατόπιν μίας συμφωνίας με τους πλούσιους ηγεμόνες της Αυστρίας, η οποία θα είχε σημαντικότατα εδαφικά οφέλη για τη Βοημία, ο Βεντσεσλάβος αποφάσισε να παντρέψει τον υιό του, Ότακαρ Β΄ της Βοημίας, με τη Μαργαρίτα του οίκου του Μπάμπενμπεργκ. Ο δεύτερός της γάμος έγινε το 1252. Από τις 6 Μαΐου 1252, η Μαργαρίτα ανακηρύχθηκε δούκισσα της Αυστρίας. Έναν χρόνο αργότερα, το 1253, ο πεθερός της πέθανε.
Ωστόσο, σύντομα, ο γάμος τους επρόκειτο να διαλυθεί. Η Μαργαρίτα ήταν ήδη μεγάλης ηλικίας και δεν μπορούσε να κάνει πλέον παιδιά. Ο Ότακαρ αποφάσισε να τη χωρίσει, αλλά διατήρησε τον τίτλο του δούκα της Αυστρίας, ισχυριζόμενος πως ήταν βασικός όρος του διαζυγίου. Η δούκισσα της Αυστρίας εγκατέλειψε τη Βοημία και επέστρεψε στην Αυστρία.
Η Μαργαρίτα της Αυστρίας και Βασίλισσα της Βοημίας άφησε την τελευταία της πνοή στις 29 Οκτωβρίου 1266.
